ספר סדר עולם רבא, מהתנא רבי יוסי בן חלפתא, עם פירוש מאת הגר"א מווילנא. שקלוב, תקס"א [1801]. מהדורה ראשונה.
הפירוש לסדר עולם נכתב והובא לדפוס על-ידי תלמידו המובהק של הגר"א - רבי מנחם מנדל משקלוב (ראה אודותיו להלן).
רישום בדף הבטנה הקדמי: "זה הספר שייך... להרבני המופלא והמופלג מוהר"ר ארי' ליב חתן ר' אברהם פערלש מהוראדנה".
רישומים ארוכים בכתב יד בדף הבטנה האחורי, כולל שטר-חוב חתום מראש חודש אדר ב' שנת תק"ע.
[49] דף. 15.5 ס"מ. מצב כללי טוב. כתמים. כתמי רטיבות בדפים הראשונים והאחרונים. מספר קרעים (קרעים חסרים בשולי שני דפים, על גבול הטקסט). כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 298.
מקור: אוסף ישעיהו וינוגרד ז"ל, ירושלים.

רבי מנחם מנדל משקלוב
הגאון המקובל רבי מנחם מנדל משקלוב (נפטר תקפ"ז), מראשוני העולים ב"עליית תלמידי הגר"א" ומייסד הקהילה האשכנזית הפרושית בירושלים. שימש את הגר"א מווילנא בשנותיו האחרונות, קרוב לשנתיים, וקיבל ממנו רבות בנגלה ובנסתר. על תקופה מיוחדת זו בחייו, כותב רמ"מ: "וה' נתן לי חן בעיניו ושמשתי אותו בכל כוחי, וכל אלו השתי שנים פחות שליש שהייתי אצלו לא זזתי ממנו, ואחזתיו ולא ארפנו, ולא משתי מתוך אהלו יומם ולילה, באשר הלך הלכתי, ובאשר ילין לנתי, ולא זזה ידי מתוך ידו כלל וכלל, ופתח הוא לי מפתח החכמה, ואמר לי כמה דברים פתחים יקרים...". כמה מחיבוריו של הגר"א נכתבו ונערכו על ידו, כגון הפירוש הידוע על משלי, הפירוש על הגדה של פסח, וההגהות ל"סדר עולם". לאחר פטירת רבו נטל על עצמו את עריכתם והוצאתם של חלק מכתבי-יד קודשו לאור, בהם חלקים מביאור הגר"א על השלחן ערוך.
בשנת תקס"ח עמד בראש הקבוצה הראשונה מתלמידי הגר"א שעלתה לארץ ישראל. התיישב תחילה בטבריה, ולאחר מכן בצפת. בשנת תקע"ו עלה לירושלים ובה הקים מחדש את הקהילה האשכנזית. לאחר מאמצים מרובים השיג רשיונות בניה מהשלטון הטורקי לצורך שיקום בית הכנסת 'החורבה', וכן הצליח לאסוף כספים כדי לשלם לערבים את החובות הישנים על המקום (רק באלול תרכ"ד נחנך בית הכנסת 'החורבה', לאחר עכובים רבים ושונים). רבי מנחם מנדל נודע במיוחד בהשגותיו העמוקות והגבוהות בתורת הנסתר, ובימי שבתו בארץ ישראל חיבר עשרה חיבורים עמוקים בקבלה. חלק מחיבוריו אלה נדפסו בשנים האחרונות (תחת השם 'כתבי הגרמ"מ'). בירושלים היה יושב כל שעות היום עטור בטלית ותפילין ועוסק בתורה בפרישות, בקדושה ובטהרה. בערבי שבתות היה יוצא מחוץ לירושלים לעסוק בקבלה בהתבודדות. בכתביו הוא מספר על חזיונות שמיימיים ועל סודות התורה שנגלו אליו משמים, ועל נשמת רבו הגר"א שהתגלתה אליו כדי להאיר עיניו בסודות התורה, פעם בכותל המערבי, פעם בקבר רחל ופעם בהר הזיתים. "וזקני ירושלם מספרים על הרמ"מ שאמר: אם יצטרכו לאפר פרה של משה יראה איפה הם, ואמרו עליו שהיה רואה בכל תשעה באב שני עמודים שחורים על הר הבית... ועוד כאלה ספרו לנו זקני הדור מפלאי הגאון הגדול הזה" (רבי אריה ליב פרומקין, תולדות חכמי ירושלים, ג, עמ' 161, בשם רבי יעקב משה חרל"פ). היה מתנגד חריף לחסידות עד סוף ימיו.

שלוש מהדורות של ברייתא מעשה תורה, המיוחס לרבי יהודה הנשיא, עם הוספות מאת הגר"א מווילנא.
1. ספר ברייתא מעשה תורה, עם הוספות מאת הגר"א. וורשא, [תרכ"ד] 1863. מהדורה ראשונה של הוספות הגר"א.
חותמת בעלים: "ישראל דוד לייען מאן".
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 375.
2. ספר ברייתא מעשה תורה, עם הוספות מאת הגר"א, בעריכת רבי אברהם בן הגר"א. [וורשא, תרמ"ה 1884]. מהדורה מורחבת, עם הוספות רבות חדשות, וליקוטים נוספים מאת הגר"א. חסר דף אחרון.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 377.
3. ספר ברייתא מעשה תורה, עם הוספות מאת הגר"א. וורשא, [שנות התר"פ בקירוב].
ספר מס' 2 כרוך עם:
• ספר המפואר לרבי שלמה מלכו. וורשא, תרמ"ד 1883.
• ספר מעשה רב. ווילנא, תרמ"ט 1888. דפוס סטריאוטיפי של מהדורת ווילנא תרמ"ז. וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 817.
5 ספרים ב-3 כרכים. גודל ומצב משתנים.
מקור: אוסף ישעיהו וינוגרד ז"ל, ירושלים.

"מאורינו ומורינו, כוכב המזהיר אשר כל העולם עומד עליו, התנא אלקי כ"ש מה"ו אליהו מווילנא ז"ל...". (רבי יוסף שאול נתנזון בעל "שואל ומשיב" בהסכמתו לספר ברייתא מעשה תורה)

ברייתא מעשה תורה - חיבור שחיבר הגר"א בימי חוליו, כשנאסר עליו ללמוד

הספר "ברייתא מעשה תורה" מבוסס על ברייתא עתיקה, בשם "מעשה תורה", שייחסוה לרבי יהודה הנשיא - מחבר המשנה, ובה ליקוטים שונים מדברי חז"ל שבאו במספר ומניין. ברייתא זו נדפסה מספר פעמים החל מראשית הדפוס. הגר"א מווילנא התבסס על הברייתא והוסיף בה סעיפים רבים, מכל חלקי הש"ס והמדרשים, ובכך הרחיבה לכדי חיבור גדול.

הוא נדפס לראשונה על ידי רבי נח חיים לוין מקוברין בוורשא בשנת תרכ"ד, ולאחר מכן בשנית בשנת תרמ"ה.

בפעם הראשונה נדפס רק חלק מן החיבור, עד מספר עשר בלבד (וכפי שנכתב בשער השני: "חלק עשרה מאמרות"). בשער הראשון של הספר נכתב כי החיבור שבכתב-היד היה "כספר החתום" שכן הגר"א כתב את הדברים בקיצורים ("כי לא כתב רק ראש המאמר מכל הספר בקיצור כדרכו בקודש"), וכי החיבור נערך על ידי רבי נח חיים לוין. בהסכמת הגאון רבי יוסף שאול נתנזון בעל "שואל ומשיב" מסופר על כמה מגדולי הדור שניסו לפענח את רמיזות הגר"א, בהם ה"שואל ומשיב" עצמו וכן הגאון רבי עקיבא איגר. במהדורה השניה נדפס החיבור בצורה מורחבת (עם ליקוטים על כל המספרים) ובשער הספר מופיע כי רבי אברהם בן הגר"א ערך את החיבור והעתיק את כל המאמרים באופן שלם, ואף הוסיף תוספות משלו (בהקדמה למהדורה זו נכתב כי התוספות מרבי אברהם בן הגר"א התקבלו מאת רבי שמואל לוריא).

בהסכמת ה"שואל ומשיב" למהדורה הראשונה (שקוצרה מעט במהדורה השניה) מסופר כי חיבור זה נכתב על ידי הגר"א בשעת חליו, כאשר הרופאים אסרו עליו להתעמק בלימוד בשל מחלתו. ה"שואל ומשיב" מכנה את הגר"א בהסכמתו "מאורינו ומורינו, כוכב המזהיר אשר כל העולם עומד עליו התנא אלקי כ"ש מה"ו אליהו מווילנא ז"ל", ומספר "אשר בעת חליו והרופאים פקדו עליו לבלתי יעמיק בתלמוד אמר בלבו להראות לבני האדם כחו וגבורתו בשני התלמודים וספרי וספרא זהר ותיקונים עם כל המדרשים…".

מדברי ה"שואל ומשיב" עולה כי החיבור נכתב על ידי הגר"א עצמו, אך ב"עלית קיר" (אות מט) מובא כי החיבור נכתב מפיו על ידי תלמידו: "...ושמעתי מהרה"ג ר' דוב בער המ"ץ מווילנא, כי זה נכתב מתלמידו כאשר יצא מפי הגאון בעל פה בשכבו על מטתו בחוליו והוא כתב על הספר בדיו…" (וראה: הרב דוד קמינצקי, תורת הגר"א, עמ' תכח-תכט על שאלת קיומו של החיבור בכתב-יד קדשו של הגר"א).

בהמשך הסכמתו מספר ה"שואל ומשיב" בשמו של רבי וואלף שיף, כי כאשר היה כתב-היד של החיבור בידי חותנו של ר' וואלף - הגאון רבי עקיבא איגר התפעל ממנו מאד: "כאשר ראה המחברת הלז היה לפלא בעיניו מאוד".