שלושה כרכים של פירוש הגר"א על אבן העזר – שלושה וואריאנטים של המהדורה הראשונה.
הדפסת שולחן ערוך עם ביאור הגר"א חלק אבן העזר, החלה בשנת תקע"ב, אך נפסקה זמן קצר לאחר תחילת ההדפסה בשל פלישת נפוליאון לרוסיה באותה שנה. המדפיסים הספיקו להדפיס רק את הסימנים א-כה (ותחילתו של סימן כו), ללא שער. בשנת תקע"ט חודשה ההדפסה, אז נדפסו הסימנים כו-קעח, שער ודף הקדמות, ונכרכו יחד עם העותקים החלקיים שנדפסו בשנת תקע"ב. בין ההדפסות ישנו הבדל משמעותי. בהדפסה משנת תקע"ב נדפס רק ביאור הגר"א על הדף, ובהדפסה בשנת תקע"ט נוספו גם הפירושים "חלקת מחוקק" ו"בית שמואל" במקומם על הדף. מסיבה זו נדפסו בשנת תקע"ט דפי השלמה של הפירושים הנ"ל על סימנים א-כה (שנדפסו כאמור ללא הפירושים). במקביל, נדפס בשנת תקע"ט חלק אבן העזר בשלמותו, כשגם הסימנים א-כה מופיעים ב"צורת הדף" החדשה (עם הפירושים "חלקת מחוקק" ו"בית שמואל"). להרחבה ראה להלן.
לפנינו שלושה וואריאנטים:
• ספר אפי רברבי, שולחן ערוך אבן העזר, סימנים א-כה, עם באר הגולה וביאור הגר"א, חלקת מחוקק ובית שמואל. ווילנא והוראדנא, [תקע"ב-תקע"ט 1812-1819]. עותק שבו מופיעים סימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ב, עם דף השער, דף ההקדמות, ודפי ההשלמה לסימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ט. בגב השער נדפס אישור צנזורה משנת 1819.
[2], ג-כד, כג-נה דף. 34 ס"מ. מצב בינוני-טוב. כתמים. סימני עש, עם פגיעות בטקסט. חותמות ורישומים בכתב יד. כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 753.
• ספר אפי רברבי, שולחן ערוך אבן העזר, סימנים א-קעח, עם באר הגולה וביאור הגר"א, חלקת מחוקק ובית שמואל. ווילנא והוראדנא, [תקע"ב-תקע"ט 1812-1819]. עותק שבו מופיעים סימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ב, עם דף השער, דף ההקדמות, דפי ההשלמה לסימנים א-כה, וסימנים כו-קעח, שנדפסו בשנת תקע"ט. בגב השער לא נדפס אישור הצנזורה שמופיע בוואריאנט הקודם.
בדף כד/2 הודבקה פיסת נייר, שבה נדפס "לוח הסימנים מטור אבן העזר". פיסה זו הודבקה כדי להסתיר את תחילתו של סימן כו.
הגהות למדניות רבות (קצוצות). רישום בעלות (קצוץ) "לר' יחזקאל כהנא".
[2], ג-כד, כג-נה; קפח דף. 33 ס"מ. מצב טוב. כתמים. קרעים במספר דפים. סימני עש, עם פגיעה קלה בטקסט, בחלק מהדפים. חיתוך דפים על גבול הכותרות. כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 754.
• ספר אפי רברבי, שולחן ערוך אבן העזר, סימנים א-קעח, עם באר הגולה וביאור הגר"א, חלקת מחוקק ובית שמואל. ווילנא והוראדנא, [תקע"ט 1819]. עותק שנדפס כולו בשנת תקע"ט.
רישום בעלות בשער, בכתב מרובע: "יצחק ב"ר יעקב מסוואלק..." (כנראה הוא הגאון המקובל רבי יצחק אייזיק חבר אב"ד סובאלק). בכותרות דפים ו', ז' וח' חתימת בעלים: "דוד זייבערג החונה" (מרבני סובאלק, ראה חומר מצורף). הגהות למדניות בכתב יד (מתקופה מאוחרת, כתובות בעפרון).
ד עמ'; ה-סא; קפח דף. 34 ס"מ בקירוב. נייר כחלחל. מצב כללי טוב. כתמים. בלאי קל. סימני עש קלים, עם פגיעה בטקסט בדף השער ובמספר דפים נוספים. קרעים בשולי דף השער ובמספר דפים נוספים, חלקם משוקמים בהדבקת רצועות נייר (בדף השער רצועת הנייר מכסה חלק מהמסגרת). כריכה חדשה. תו-ספר.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 755.

תהליך הדפסת חלק אבן העזר של ביאור הגר"א
חלק אורח חיים וחלק יורה דעה של ביאור הגר"א נדפסו על ידי בני הגר"א, רבי יהודה ליב ורבי אברהם. שותפים להם היו שניים מגדולי תלמידי הגר"א, רבי מנחם מנדל משקלוב ורבי ישראל משקלוב, שעסקו במלאכת העריכה וההגהה. לעומת זאת, חלק אבן העזר נדפס רק לאחר פטירתם של בני הגר"א והוטל על שכמו של נכד הגר"א – בנו של רבי אברהם בן הגר"א – הלא הוא רבי יעקב משה מסלונים. אמנם, גם קודם לכן היה רבי יעקב משה בין העוסקים בהוצאת כתבי הגר"א, אך הפעם נפלה כל האחריות עליו בלבד.
אביו – רבי אברהם בן הגר"א נפטר בשנת תקס"ט, דודו רבי יהודה ליב בן הגר"א נפטר בשנת תקע"ו, ושני תלמידי הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב ורבי ישראל משקלוב עלו כבר באותה עת לארץ ישראל.
כפי שמספר רבי יעקב משה בהקדמתו, הוא החל להדפיס סמוך לשנת תקע"ב, אך באותה שנה פלש נפוליאון לרוסיה וההדפסה נפסקה באמצע. רק בשנת תקע"ט הושלמה הדפסת הכרך כולו. תהליך ההדפסה, שנמשך כשבע שנים, הוליד כמה וואריאנטים של מהדורה זו.
בשנת תקע"ב, הספיק רבי יעקב משה להדפיס רק חלק קטן מהשולחן ערוך – עד אמצע סימן כו בלבד, וללא שער. במהדורה זו נדפס רק ביאור הגר"א סביב ה"פנים" (בשוליים נדפס "באר הגולה"),  ללא המפרשים הרגילים, ה"בית שמואל" וה"חלקת מחוקק". מאוחר יותר, כשחידש רבי יעקב משה את ההדפסה בשנת תקע"ט, הוא החליט להדפיס גם את הפירושים "בית שמואל" ו"חלקת מחוקק" ולהחזיר אותם על מקומם ב"צורת הדף". כפי שהוא מספר בהקדמתו, מיקום הפרשנים ב"צורת הדף" היה כרוך בהתלבטות, אך לבסוף הכריע הגאון רבי חיים מוולוז'ין במכתב אל רבי יעקב משה (שצוטט מעבר לשער): "אל תסג גבול ראשונים וח"מ וב"ש [וחלקת מחוקק ובית שמואל] יודפסו על מקומן שזכו מכבר". בעקבות כך החלו להדפיס בשנת תקע"ט את שני המפרשים הנ"ל משני צדי נוסח השולחן ערוך, ואילו ביאור הגר"א נדפס בחציו התחתון של הדף.
תחילה הדפיסו במתכונת החדשה רק החל מסימן כו ועד סוף השולחן ערוך. את הדפים האלה כרכו יחד עם סימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ב. אליהם צרפו שער חדש, שבו פרט השנה תקע"ט, וכן דף נוסף עם הקדמת רבי יעקב משה מסלונים המספר על השתלשלות ההדפסה. בנוסף, הדפיסו דפי השלמה לסימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ב (עם ביאור הגר"א בלבד), שבהם פירושי ה"חלקת מחוקק" וה"בית שמואל" לסימנים אלה.
בשער מופיעה הודעה על שינוי המתכונת של "צורת הדף" החל מסימן כו ("לא כאלה הלכות פו"ר ואישות אשר נדפס באור הגאון עם השו"ע למבראשונה... אפס מהלכות קדושין ואילך התחלנו להדפיס כסדרן...").
לאחר מכן נדפסה מהדורה שלמה במתכונת החדשה (עם "חלקת מחוקק" ו"בית שמואל" בשני צדי נוסח השו"ע וביאור הגר"א למטה) החל מסימן א. במהדורה זו שער שונה שבו לא מופיעה ההודעה הנ"ל. 

ביאור הגר"א לשולחן ערוך
ביאור הגר"א לשולחן ערוך הוא אחד החיבורים המעטים שכתב הגר"א בעצמו, ואינו העתקה או סיכום של תלמידים. הביאור נדפס בתוך מהדורות שולחן ערוך, כחלק מ"צורת הדף". הביאור על אורח חיים נדפס בשקלוב בשנת תקס"ג (פריט 51), הביאור על יורה דעה נדפס בהורודנא בשנת תקס"ו (פריט 52), הביאור על אבן העזר נדפס בשנים תקע"ב-תקע"ט, בכמה ווריאנטים (פריט 53), והביאור על חושן משפט נדפס לראשונה בקניגסברג תרט"ו (פריט 54).
ביאור זה של הגר"א התקבל כחיבור יסודי להבנת מקורות ההלכה, וכבסיס לפסיקה ההלכתית. בהקדמה לספר משנה ברורה מציין בעל ה"חפץ חיים" את ביאור הגר"א כאחד מן הספרים החשובים עליהם התבסס בבואו להכריע את ההלכה: "ובפרט בבאור הגר"א ז"ל שהוא אורן של ישראל ויתד שהכל תלוי בו, וכדאי להכריע הדבר".
תלמיד הגר"א, הגר"ח מוולוז'ין, בהקדמתו ל"ספרא דצניעותא" כותב בהתפעלות על ביאור רבו לשו"ע: "...הוא אשר בחבוריו הקדושים פנה וכבש והאיר לפנינו את הדרך דרך הקדש אשר לא עבר בה איש מכמה דורות שלפניו, דרך סלולה וברורה בנגלות ובנסתרות במסילה נעלה מעלה מעלה עד מקורי ומקור מקורי הדברים, כאשר נפלאות עשה בביאורו על הש"ע, שם כלל כל ההלכות מרובות שנזכרו בדבריהם הקדושים במקורם אשר הראה בשני התלמודים בבלי וירושלמי, וטחן וברר וסילת סלת נקיה מנופה כל השיטות של הראשונים ז"ל".
בהקדמתו לביאור הגר"א על אורח חיים כותב רבי חיים מוולוז'ין על כך שהפסיקה איננה יכולה להסתמך רק על עיון בשולחן ערוך ועל הפוסק לבדוק את הדברים במקורם, וכי "עיקר ההוראה" צריך להיות "מן הש"ס". הוא מציין כי זו היתה מגמתו ודרכו של הגר"א בביאורו זה: "וכל מעיין בחיבור הזה אשר חבר רבינו הגדול והקדוש אשר צדקתו ותורתו הכריזו עליו מסוף העולם עד סופו גדול מרבן שמו הטוב כבוד שם קדושתו ותורתו הגאון רבינו אליהו החסיד… יראה שזו היא דרכו… לעורר ולהזכיר בלמוד הש"ע את מקורו מן הש"ס… זולת חידושים מתוקים ועמוקים הנמצאים בדבריו הקדושים, ואף כי דבריו קצרים המה ככוכבים הנראים קטנים וכל העולם עומד תחתיו…".
על תהליך ההדפסה של חלקי הביאור, ראה: הרב אברהם הלוי שישא, סדר הדפסתם של ביאור הגר"א על שו"ע או"ח, יו"ד, אהע"ז ובעיותיו, ישורון, כרך ה' (תשנ"ט), עמ' תרעח-תרצה; הרב דוד קמינצקי, תורת הגר"א, ירושלים תשע"ח, עמ' תצב-תקיט.

סדר תלמידי הגר"א בהקדמת בני הגר"א לשו"ע אורח חיים
בתוך הקדמתם הארוכה של בני הגר"א למהדורה הראשונה של ביאור הגר"א לשולחן ערוך אורח חיים, שקלוב תקס"ג, מובאת רשימה מפורטת של תלמידי הגר"א החשובים, עם מספור: "הראשון הוא היה הרב הגאון מוהר"ר חיים נר"ו אב"ד דק"ק וולוז'ין...", "והשני הרב הגאון מוהר"ר שלמה ז"ל אב"ד דק"ק וואלקמיר...", "והשלישי הרב הגאון החסיד ועניו מ"ו שלמה זלמן זלל"ה, אחיו של הרב הגאון רבי חיים הנ"ל…", "והרביעי הרב הגדול המופלג בתורה וביראה המפורסם מו"ה סעדיה נר"ו…", "והחמישי הרב המאה"ג המפורסם מ"ו שלמה ז"ל מטלאטשין מגיד דבריו ליעקב בק"ק ווילנא…", "והששי הרב הגדול החריף ובקי המפורסם מ"ו צבי הירש נר"ו מסעמיאטין…", "והשביעי הרב הגדול החריף בקי המפורסם מו"ה שלמה זצ"ל מק"ק מאהילאב…".
לפי המסורת, סדר התלמידים ברשימה זו הנו מכוון והתלמידים מופיעים על פי סדר חשיבותם וקרבתם אל הגר"א (עם זאת, ברשימה זו לא נמנו כל תלמידי הגר"א).

יחסו של החזון איש להגר"א וביאורו לשו"ע – "כאחד מן הראשונים"
דברים מופלאים כתב ה"חזון איש" על גדולת רבינו הגר"א, ועל כוחו לחלוק על הראשונים:
"אנו מתייחסים להגר"א בשורה של משה רבנו ע"ה, עזרא ע"ה, רבנו הקדוש, רב אשי, הרמב"ם, הגר"א, שנתגלה תורה על ידו כקדוש המעותד לכך, שהאיר במה שלא הואר עד שבא ונטל חלקו, והוא נחשב כאחד מן הראשונים, ולכן חולק עליהם בכמה מקומות בתוקף עוז, וגם על הרי"ף והרמב"ם הוא חולק, ומדרגתו ברוח הקודש בחסידותו ובגודל תבונתו וביגיעתו ובבקיאותו בעיון העמוק בכל התורה המצויה עתה בידינו אי אפשר כלל לצייר את אפשרותם. כן לא יתכן לתמוה עליו למה יחלוק על השו"ע, והלא מקומות שחולק הגר"א על הכרעת השו"ע המה למאות" (קובץ אגרות ח"א, אגרת לב).
במקום אחר כותב על דרכו של הגר"א בביאורו:
"הגר"א ז"ל בביאורי הגר"א אינו מסתפק בביאור מקורו של השו"ע, אלא נכנס תמיד לקבוע מסמרות בהכרעת ההלכה, ומגלה תמיד דעתו ז"ל במקום שנוטה מדברי השו"ע, ודבריו תמיד במלול ברור בלהבת אש..." (קובץ אגרות ח"ג, אגרת כח; ראה שם בהרחבה).
במקום אחר, לאחר שמבאר את דברי הגר"א בביאורו, כותב החזון איש: "...ומה מיושב הוא פי' הגר"א... וכל המעיין מלא חדות גיל מאור האמת אשר בפירוש זה, ואשר אינו נותן מקום לנטות ממנו... וביום שגילה הגר"א את הדבר הכריזו ברקיע הזהרו באליהו ובתורתו שגילה רז זה לבני ישראל" (שם, אגרת קעח).