מסכת אבות, עם פירוש רש"י ופירוש הגר"א, אבות דרבי נתן, ומסכתות קטנות: סופרים, שמחות, כלה, דרך ארץ רבה, דרך ארץ זוטא ופרק השלום, מוגהים על פי נוסח הגאון רבינו אליהו מווילנא. שקלוב, דפוס אריה בן מנחם, אריה ליב בן שנייאור פייבוש, אברהם בן יעקב סג"ל ושבתי בן בן-ציון, [תקס"ד 1804]. מהדורה ראשונה.

הספר הובא לדפוס על ידי בני הגר"א, רבי יהודה ליב ורבי אברהם, ונערך על ידי תלמיד הגר"א, המקובל רבי מנחם מנדל משקלוב. בתחילת הספר כתב רבי מנחם מנדל הקדמה חשובה, בה מוסר כמה עניינים מופלאים שזכה לשמוע מפי רבו הגר"א.
בדפים ג-כד נדפסה מסכת אבות, המשנה במרכז ומסביב לה, מצד אחד פירוש רש"י, "ומצד שני פירוש הגאון זלה"ה, שמה ימצא מעיין האמיתי פלאות רבות, איך שמראה כל דברי המשניות במקראות מפורשים". בדפים כה-נ נדפסה מסכת "אבות דרבי נתן" על פי נוסחאותיו והגהותיו של הגר"א. במרכז העמוד נדפס הנוסח המוגה ע"פ הגר"א, ובצדו נדפס הנוסח הישן הלא מוגה, "בכדי שידעו למראה עין ההבדל ביניהם כרחוק מזרח ממערב, ויתרון לזה מזה כיתרון האור מן החשך". בדפים נא-פב נדפסו המסכתות הקטנות באותה מתכונת, כאשר במרכז העמודים מופיע הנוסח המוגה, ובצדו הנוסח הישן.
בראש דף השער, בדף האחרון ובכותרת דף ע: חתימות רבי "יעקב ברלין ממיר", אבי הנצי"ב מוולוז'ין (החתימות מחוקות בדיו). הגהות בכתב יד במספר מקומות בספר.

רבי יעקב ברלין (תקנ"ד-תר"ל), אביו של הנצי"ב מוולוזין וחותנו של בעל "ערוך השולחן". סוחר עשיר ותלמיד חכם מופלג, מראשי ונגידי קהילת מיר. עלה לירושלים בשנת תרי"ב, והיה בה לאחד מראשי הקהילה האשכנזית בירושלים (תולדותיו וצדקתו מסופרים בארוכה בספר "מקור ברוך" לנכדו רבי ברוך עפשטיין בעל ה"תורה תמימה").

פב דף. 21.5 ס"מ. מצב בינוני-טוב. כתמים, בהם כתמי רטיבות וכתמים כהים. בלאי קל. קרעים קטנים בשולי הדפים. סימני עש עם פגיעות בטקסט, משוקמים בחלקם במילוי נייר ובנייר-דבק. חותמת בדף השער. כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 318.

אוסף ספרי שולחן ערוך עם ביאור הגר"א מווילנא. מהדורות ראשונות של ביאור הגר"א לשולחן ערוך:

• ספר מגיני ארץ, שו"ע אורח חיים, עם ביאור הגר"א מווילנא. שקלוב, [תקס"ג 1803]. חלק מהמילים בדף השער נדפסו בדיו אדומה.
במהדורה זו נדפס לראשונה ביאור הגר"א על שולחן ערוך אורח חיים, מעצם כתב ידו של הגר"א. המהדורה הובאה לדפוס על ידי בני הגר"א, בשיתוף עם תלמידי הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב ורבי ישראל משקלוב, ועם נכד הגר"א רבי יעקב משה מסלונים (בנו של רבי אברהם בן הגר"א). ביאור הגר"א נדפס מצדו האחד של נוסח השולחן ערוך ומצדו השני ה"מגן אברהם". בשוליים נדפס ה"באר הגולה". מעבר לשער נדפסה הקדמת רבי חיים מוולוז'ין בה הוא מסביר את דרכו של הגר"א בביאורו על השולחן ערוך. בדף השני נדפסה הקדמה ארוכה ומעניינת מאת בני הגר"א, בה מתוארת גדולת הגר"א מיום לידתו, הנהגותיו המיוחדות ודרך לימודו. כמו כן, נמנו בהקדמה תלמידיו של הגר"א לפי סדר חשיבותם (ראה להלן). בדף השלישי נדפסה הקדמת תלמיד הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב ואחריה הקדמת נכד הגר"א רבי יעקב משה מסלונים. בדף הרביעי נדפסה "הקדמת המסדר" – תלמיד הגר"א רבי ישראל משקלוב.
בדף ריג/2 הגהה ארוכה בכתב יד.
[1], ג, שטז, [2] דף. 35 ס"מ. מצב משתנה, הדפים הראשונים והאחרונים במצב בינוני, ושאר הדפים במצב טוב-בינוני. כתמים. בלאי. קרעים, בהם קרעים חסרים קטנים, וסימני עש, עם פגיעות בטקסט, משוקמים בחלקם בהדבקות נייר (בשולי דף השער ודף אחרון הדבקות של רצועות נייר-דבק, על חלק מהטקסט). כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 747.

• ספר אשלי רברבי, שולחן ערוך יורה דעה, עם באר הגולה וביאור הגר"א. הורודנא, דפוס יחזקאל בן משה, שמחה זימל בן מנחם נחום ושמחה זימל בן יחזקאל, תקס"ו [1806]. מהדורה ראשונה של ביאור הגר"א. חלק מהמילים בדף השער נדפסו בדיו אדומה.
במהדורה זו נדפס לראשונה ביאור הגר"א על שולחן ערוך יורה דעה, מעצם כתב ידו של הגר"א. המהדורה הובאה לדפוס על ידי בני הגר"א. בדף שאחרי השער נדפסה הקדמת תלמיד הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב (המזכיר את רבי ישראל משקלוב כמי שסייע לו בעריכה) ואחריה הקדמת בני הגר"א – רבי יהודה ליב ורבי אברהם. המפרשים הרגילים, הש"ך והט"ז, לא נדפסו במהדורה זו, כפי הנראה כדי לחסוך בהוצאות הדפוס. ביאור הגר"א נדפס סביב ה"פנים", ולצדו נדפס גם "באר הגולה".
כג, [1], כד-קעו דף. 33.5 ס"מ. מצב טוב-בינוני. כתמים, בהם כתמי רטיבות. הדבקות רצועות נייר לחיזוק לאורך שולי דף השער ובמספר דפים נוספים. קרעים, בהם קרע חסר זעיר עם פגיעה בטקסט באחד מהדפים. כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 749.

• ספר אפי רברבי, שולחן ערוך אבן העזר, סימנים א-קעח, עם באר הגולה וביאור הגר"א, חלקת מחוקק ובית שמואל. ווילנא והוראדנא, דפוס מנחם מן בן ברוך ושמחה זימל בן מנחם נחום, [תקע"ט 1819].
הדפסת שולחן ערוך עם ביאור הגר"א חלק אבן העזר החלה בשנת תקע"ב, אך נפסקה זמן קצר לאחר תחילת ההדפסה בשל פלישת נפוליאון לרוסיה באותה שנה. המדפיסים הספיקו להדפיס רק את הסימנים א-כה (ותחילתו של סימן כו), ללא שער. בשנת תקע"ט חודשה ההדפסה, אז נדפסו הסימנים כו-קעח, שער ודף הקדמות, ונכרכו יחד עם העותקים החלקיים שנדפסו בשנת תקע"ב. בין שתי ההדפסות ישנו הבדל משמעותי.

בהדפסה משנת תקע"ב נדפס רק ביאור הגר"א על הדף, ובהדפסה בשנת תקע"ט נוספו גם הפירושים "חלקת מחוקק" ו"בית שמואל" במקומם על הדף. מסיבה זו נדפסו בשנת תקע"ט דפי השלמה של הפירושים הנ"ל על סימנים א-כה (שנדפסו כאמור ללא הפירושים). במקביל, נדפס בשנת תקע"ט חלק אבן העזר בשלמותו, כשגם הסימנים א-כה מופיעים ב"צורת הדף" החדשה (עם הפירושים "חלקת מחוקק" ו"בית שמואל"; על תהליך הדפסת מהדורה זו על שלביה השונים, ראה במסגרת להלן). העותק שלפנינו הוא מהסוג השלישי, שנדפס כולו בשנת תקע"ט.
חתימות ורישומי בעלות בדף השער: "שייך לאלי' ב"ר יעקב זללה"ה מדארביאן" [דרביאן Darbėnai, סמוך לקרטינגה, ליטא]; "בנימין וואלף סג"ל..."; ועוד.
ד עמ'; ה-סא; קפח דף. 34.5 ס"מ. נייר כחלחל בחלקו. מצב כללי טוב. כתמים. קרעים קטנים בשולי מספר דפים. כריכה חדשה.
וינוגרד, אוצר ספרי הגר"א, מס' 755.

ביאור הגר"א לשולחן ערוך
ביאור הגר"א לשולחן ערוך הוא אחד החיבורים המעטים שכתב הגר"א בעצמו, ואינו העתקה או סיכום של תלמידים. הביאור נדפס בתוך מהדורות שולחן ערוך, כחלק מ"צורת הדף". הביאור על אורח חיים נדפס בשקלוב בשנת תקס"ג, הביאור על יורה דעה נדפס בהורודנא בשנת תקס"ו, הביאור על אבן העזר נדפס בשנים תקע"ב-תקע"ט, בכמה ווריאנטים, והביאור על חושן משפט נדפס לראשונה בקניגסברג תרט"ו.
ביאור זה של הגר"א התקבל כחיבור יסודי להבנת מקורות ההלכה, וכבסיס לפסיקה ההלכתית. בהקדמה לספר משנה ברורה מציין בעל ה"חפץ חיים" את ביאור הגר"א כאחד מן הספרים החשובים עליהם התבסס בבואו להכריע את ההלכה: "ובפרט בבאור הגר"א ז"ל שהוא אורן של ישראל ויתד שהכל תלוי בו, וכדאי להכריע הדבר".
תלמיד הגר"א, הגר"ח מוולוז'ין, בהקדמתו ל"ספרא דצניעותא" כותב בהתפעלות על ביאור רבו לשו"ע: "...הוא אשר בחבוריו הקדושים פנה וכבש והאיר לפנינו את הדרך דרך הקדש אשר לא עבר בה איש מכמה דורות שלפניו, דרך סלולה וברורה בנגלות ובנסתרות במסילה נעלה מעלה מעלה עד מקורי ומקור מקורי הדברים, כאשר נפלאות עשה בביאורו על הש"ע, שם כלל כל ההלכות מרובות שנזכרו בדבריהם הקדושים במקורם אשר הראה בשני התלמודים בבלי וירושלמי, וטחן וברר וסילת סלת נקיה מנופה כל השיטות של הראשונים ז"ל".
בהקדמתו לביאור הגר"א על אורח חיים כותב רבי חיים מוולוז'ין על כך שהפסיקה איננה יכולה להסתמך רק על עיון בשולחן ערוך ועל הפוסק לבדוק את הדברים במקורם, וכי "עיקר ההוראה" צריך להיות "מן הש"ס". הוא מציין כי זו היתה מגמתו ודרכו של הגר"א בביאורו זה: "וכל מעיין בחיבור הזה אשר חבר רבינו הגדול והקדוש אשר צדקתו ותורתו הכריזו עליו מסוף העולם עד סופו גדול מרבן שמו הטוב כבוד שם קדושתו ותורתו הגאון רבינו אליהו החסיד… יראה שזו היא דרכו… לעורר ולהזכיר בלמוד הש"ע את מקורו מן הש"ס… זולת חידושים מתוקים ועמוקים הנמצאים בדבריו הקדושים, ואף כי דבריו קצרים המה ככוכבים הנראים קטנים וכל העולם עומד תחתיו…".
על תהליך ההדפסה של חלקי הביאור, ראה: הרב אברהם הלוי שישא, סדר הדפסתם של ביאור הגר"א על שו"ע או"ח, יו"ד, אהע"ז ובעיותיו, ישורון, כרך ה' (תשנ"ט), עמ' תרעח-תרצה; הרב דוד קמינצקי, תורת הגר"א, ירושלים תשע"ח, עמ' תצב-תקיט.
סדר תלמידי הגר"א בהקדמת בני הגר"א לשו"ע אורח חיים
בתוך הקדמתם הארוכה של בני הגר"א למהדורה הראשונה של ביאור הגר"א לשולחן ערוך אורח חיים, שקלוב תקס"ג, מובאת רשימה מפורטת של תלמידי הגר"א החשובים, עם מספור: "הראשון הוא היה הרב הגאון מוהר"ר חיים נר"ו אב"ד דק"ק וולוז'ין...", "והשני הרב הגאון מוהר"ר שלמה ז"ל אב"ד דק"ק וואלקמיר...", "והשלישי הרב הגאון החסיד ועניו מ"ו שלמה זלמן זלל"ה, אחיו של הרב הגאון רבי חיים הנ"ל…", "והרביעי הרב הגדול המופלג בתורה וביראה המפורסם מו"ה סעדיה נר"ו…", "והחמישי הרב המאה"ג המפורסם מ"ו שלמה ז"ל מטלאטשין מגיד דבריו ליעקב בק"ק ווילנא…", "והששי הרב הגדול החריף ובקי המפורסם מ"ו צבי הירש נר"ו מסעמיאטין…", "והשביעי הרב הגדול החריף בקי המפורסם מו"ה שלמה זצ"ל מק"ק מאהילאב…".
לפי המסורת, סדר התלמידים ברשימה זו הנו מכוון והתלמידים מופיעים על פי סדר חשיבותם וקרבתם אל הגר"א (עם זאת, ברשימה זו לא נמנו כל תלמידי הגר"א).
יחסו של החזון איש להגר"א וביאורו לשו"ע – "כאחד מן הראשונים"
דברים מופלאים כתב ה"חזון איש" על גדולת רבינו הגר"א, ועל כוחו לחלוק על הראשונים: "אנו מתייחסים להגר"א בשורה של משה רבנו ע"ה, עזרא ע"ה, רבנו הקדוש, רב אשי, הרמב"ם, הגר"א, שנתגלה תורה על ידו כקדוש המעותד לכך, שהאיר במה שלא הואר עד שבא ונטל חלקו, והוא נחשב כאחד מן הראשונים, ולכן חולק עליהם בכמה מקומות בתוקף עוז, וגם על הרי"ף והרמב"ם הוא חולק, ומדרגתו ברוח הקודש בחסידותו ובגודל תבונתו וביגיעתו ובבקיאותו בעיון העמוק בכל התורה המצויה עתה בידינו אי אפשר כלל לצייר את אפשרותם. כן לא יתכן לתמוה עליו למה יחלוק על השו"ע, והלא מקומות שחולק הגר"א על הכרעת השו"ע המה למאות" (קובץ אגרות ח"א, אגרת לב).
במקום אחר כותב ה"חזון איש" על דרכו של הגר"א בביאורו: "הגר"א ז"ל בביאורי הגר"א אינו מסתפק בביאור מקורו של השו"ע, אלא נכנס תמיד לקבוע מסמרות בהכרעת ההלכה, ומגלה תמיד דעתו ז"ל במקום שנוטה מדברי השו"ע,  ודבריו תמיד במלול ברור בלהבת אש..." (קובץ אגרות ח"ג, אגרת כח; ראה שם בהרחבה).
במקום אחר, לאחר שמבאר את דברי הגר"א בביאורו, כותב החזון איש: "...ומה מיושב הוא פי' הגר"א... וכל המעיין מלא חדות גיל מאור האמת אשר בפירוש זה, ואשר אינו נותן מקום לנטות ממנו... וביום שגילה הגר"א את הדבר הכריזו ברקיע הזהרו באליהו ובתורתו שגילה רז זה לבני ישראל" (שם, אגרת קעח).

תהליך הדפסת חלק אבן העזר של ביאור הגר"א
חלק אורח חיים וחלק יורה דעה של ביאור הגר"א נדפסו על ידי בני הגר"א, רבי יהודה ליב ורבי אברהם. שותפים להם היו שניים מגדולי תלמידי הגר"א, רבי מנחם מנדל משקלוב ורבי ישראל משקלוב, שעסקו במלאכת העריכה וההגהה. לעומת זאת, חלק אבן העזר נדפס רק לאחר פטירתם של בני הגר"א והוטל על שכמו של נכד הגר"א – בנו של רבי אברהם בן הגר"א – הלא הוא רבי יעקב משה מסלונים. אמנם, גם קודם לכן היה רבי יעקב משה בין העוסקים בהוצאת כתבי הגר"א, אך הפעם נפלה כל האחריות עליו בלבד אביו – רבי אברהם בן הגר"א נפטר בשנת תקס"ט, דודו רבי יהודה ליב בן הגר"א נפטר בשנת תקע"ו, ושני תלמידי הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב ורבי ישראל משקלוב עלו כבר באותה עת לארץ ישראל. כפי שמספר רבי יעקב משה בהקדמתו, הוא החל להדפיס סמוך לשנת תקע"ב, אך באותה שנה פלש נפוליאון לרוסיה וההדפסה נפסקה באמצע. רק בשנת תקע"ט הושלמה הדפסת הכרך כולו. תהליך ההדפסה, שנמשך כשבע שנים, הוליד כמה וואריאנטים של מהדורה זו.
בשנת תקע"ב, הספיק רבי יעקב משה להדפיס רק חלק קטן מהשולחן ערוך – עד אמצע סימן כו בלבד, וללא שער. במהדורה זו נדפס רק ביאור הגר"א סביב ה"פנים" (בשוליים נדפס "באר הגולה"), ללא המפרשים הרגילים, ה"בית שמואל" וה"חלקת מחוקק". מאוחר יותר, כשחידש רבי יעקב משה את ההדפסה בשנת תקע"ט, הוא החליט להדפיס גם את הפירושים "בית שמואל" ו"חלקת מחוקק" ולהחזיר אותם על מקומם ב"צורת הדף". כפי שהוא מספר בהקדמתו, מיקום הפרשנים ב"צורת הדף" היה כרוך בהתלבטות, אך לבסוף הכריע הגאון רבי חיים מוולוז'ין במכתב אל רבי יעקב משה (שצוטט מעבר לשער): "אל תסג גבול ראשונים וח"מ וב"ש [וחלקת מחוקק ובית שמואל] יודפסו על מקומן שזכו מכבר". בעקבות כך החלו להדפיס בשנת תקע"ט את שני המפרשים הנ"ל משני צדי נוסח השולחן ערוך, ואילו ביאור הגר"א נדפס בחציו התחתון של הדף. תחילה הדפיסו במתכונת החדשה רק החל מסימן כו ועד סוף השולחן ערוך. את הדפים האלה כרכו יחד עם סימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ב. אליהם צרפו שער חדש, שבו פרט השנה תקע"ט, וכן דף נוסף עם הקדמת רבי יעקב משה מסלונים המספר על השתלשלות ההדפסה. בנוסף, הדפיסו דפי השלמה לסימנים א-כה שנדפסו בשנת תקע"ב (עם ביאור הגר"א בלבד), שבהם פירושי ה"חלקת מחוקק" וה"בית שמואל" לסימנים אלה. בשער מופיעה הודעה על שינוי המתכונת של "צורת הדף" החל מסימן כו ("לא כאלה הלכות פו"ר ואישות אשר נדפס באור הגאון עם השו"ע למבראשונה... אפס מהלכות קדושין ואילך התחלנו להדפיס כסדרן..."). לאחר מכן נדפסה מהדורה שלמה במתכונת החדשה (עם "חלקת מחוקק" ו"בית שמואל" בשני צדי נוסח השו"ע וביאור הגר"א למטה) החל מסימן א. במהדורה זו שער שונה שבו לא מופיעה ההודעה הנ"ל.