ארבעה מספרי הגר"א על המשניות והתוספתא:
• ספר שנות אליהו, משניות סדר זרעים, עם ביאורי הגר"א מווילנא. למברג (לבוב), דפוס אהרן בן חיים דוד סג"ל, [תקנ"ט 1799]. מהדורה ראשונה.
פירוש הגר"א מחולק לשניים: "פירוש הקצר" ו"פירוש הארוך".
בשער נכתב כי הספר הובא לדפוס על ידי בני הגר"א, אך למעשה מהדורה זו נדפסה על ידי גיסם – רבי משה מפינסק, חתן הגר"א. בעמוד שמעבר לשער נדפסו הסכמות ואזהרת בית הדין בווילנא שלא לפרסם דברים מהגר"א בדפוס בלא רשות, "שלא ישמע ולא יאמין שום אדם לדברי האומר בשם הגאון החסיד זצוק"ל... עד שיתברר בירור גמור שהם מכתבי הגאון הנ"ל... ופשיטא שלא להעלות דבר בדפוס ע"ש הגאון עד שיתברר...".

• ספר התוספתא, תוספתא על סדר זרעים, עם פירוש מאת רבי יונה בן גרשון מווילנא, המשלב בפירושו הגהות מאת הגר"א מווילנא. ווילנא, דפוס ארי' ליב בן יחיאל לוריא ואחיו גרשון, וארי' ליב בן דוד רי"ט וגיסו משה בן מנחם מענדל, תקנ"ט [1799]. מהדורה ראשונה. סימני עובש קשים.
בשער הספר נדפס: "עם קצת הגהות אשר מצאתי... ששמעתי שהן מהמנוח הגאון הגדול החסיד המפורסם מ"ו אליהו ז"ל מקהילתנו...". וכך כתב גם בהקדמתו: "...שהקרה ה' לפני קצת הגהות כתיבת יד ושמעתי שהן מהמנוח הגאון הגדול... רבינו אליהו זצ"ל מקהילתינו...". ההגהות שולבו בתוך פירושו של רבי יונה ופותחות: "ה"ג בתוספתא כ"י". על הגהות אלה כתב ש' ליברמן, תוספתא כפשוטה, כרך א, נויארק תשט"ו, מבוא, עמ' טז: "ואין ספק שרובן ככולן יצאו מבית מדרשו של הגר"א...". הרב קלמן כהנא מעיר שממשפחת הגר"א לא יצא ערעור על מהדורה זו, ונראה שאף הם חשבו לנכון ליחס הגהות אלה לגר"א. אך רבי זונדל מסלנט סבר שאין כאן הגהות מהגר"א (ראה: אוצר ספרי הגר"א, עמ' 55; הרב דוד קמינצקי, תורת הגר"א, עמ' שצח-ת).‎

• ספר אלי' רבא, חלק ראשון, פירוש על משניות סדר טהרות, מאת הגר"א מווילנא. ברין, דפוס יאזעף ראסמאן, תקס"ב [1802]. מהדורה ראשונה.
הספר נדפס על ידי רבי מאיר משאד, שזכה ללמוד תורה מפי הגר"א. בהקדמתו לספר הוא מתאר כיצד ישב אצל הגר"א וכתב מפיו את הפירוש: "ואני בבואי הנה ואשב בבית הרב החסיד הגאון הגדול... הלא הוא רב הגולה נר ישראל... כבוד ק"ש מו"ה אלי' זלה"ה. ויהי כשבתי בביתו ואמצא חן לפניו ואשרתהו ואצק מים על ידי אליהו... והרב הגאון ז"ל בחסדו הטיבנו... וילמדני דעת מקרא ומשנה... זה לי ימים רבים אנכי בביתו לא אתן שנת לעיני לעפעפי תנומה... גם אני חזרתי שניתי גם שלשתי לפני הרב גם משניות גם תוספתא... ואכתוב את דבריו על המשנה כאשר שמעתי מפיו...".
בראש הספר, אחרי ההסכמות, נדפסו מכתבי המלצה שכתבו למחבר הגר"א ואחיו רבי יששכר בער.
בני הגר"א ערערו על מהימנותו של פירוש זה בראש ספר "פירוש על יונה" (ווילנא תק"ס). לטענתם הדברים מועתקים מפירוש סדר טהרות אשר כתב תלמידו רבי מנחם מנדל משקלוב. לדבריהם, רבי מאיר משאד שאל מרבי מנחם מנדל את כתב-היד ומסרו להעתקה בחפזון והדבר גרם לטעויות ושיבושים, וכי בידיהם נמצא הפירוש המדויק. לעומת זאת, רנ"נ רבינוביץ כותב בהקדמתו לספר "גאון יעקב" (לבוב תרכ"א) כי את הספר כתב הגאון רבי יעקב כהנא (תלמיד הגר"א וחתנו של אחי הגר"א רבי יששכר בער), על פי רשימות קצרות שכתב רבי מאיר משאד כשישב לפני הגר"א.
רישום בעלות בדף המגן: "שייך להרב' המופל' בתורה וביראה כמה"ו הירש צוקרמן מברעסלא", ורישום למדני ארוך נוסף.

• ספר טהרת הקודש, פירוש "זר זהב" על התוספתא סדר טהרות, מאת הגר"א מווילנא. זולקווא, דפוס מרדכי רבין שטיין, תקס"ד [1804]. מהדורה ראשונה. הסכמות מאת רבי מרדכי בנעט ורבני זולקווא, גלוגא ופוזנא. חסרים דפים סט-ע.
מהדורה זו נערכה ונדפסה ע"י תלמיד הגר"א רבי מאיר משאד. בהקדמתו לספר כותב רבי מאיר: "...והנה לא משתי מתוך אהלה של תורה בבית רבינו הגאון האמתי החסיד המפורסם מ"ו אליהו מווילנא זלה"ה, אשר הרוה צמאוני בלמדי אצלו משניות סדר טהרות, עם כל התוספתא של סדר הנ"ל…". בראש ספר "פירוש על יונה" (ווילנא תק"ס) ביקרו בני הגר"א בחריפות את רבי מאיר משאד (בלי להזכיר את שמו). הם טענו כי ביאור הגר"א למשניות סדר טהרות שהיה בידי רבי מאיר (ונדפס לאחר מכן בברין תקס"ב) הוא העתקה משובשת של הפירוש המקורי (ראה פריט 28). הם כותבים כי רבי מאיר פרץ את ה"גדר אשר גדרו בד"ר [בי דינא רבא] דמחנינו יצ"ו… להדפיס שלא מדעתן…". לפנינו חיבור נוסף שהדפיס רבי מאיר משאד ללא הסכמת בית הדין בווילנא ובני הגר"א.

4 ספרים. גודל ומצב משתנים.