1. מעמק עכור, ציורים ורשימות. הוצאת "תושיה", ורשה (בדפוס שולדברג ושותפו), תרס"א 1900. מהדורה שניה, ספרו הראשון של ברנר.
2. בחורף. רומן. הוצאת חברת "אחיאסף", קראקא, תרס"ד. מהדורה ראשונה לספרו השני של ברנר.
3. כתבי י. ח. ברנר, ספר ראשון. הוצאת בימה"ס [בית מסחר הספרים] קרוגליאקוב ביפו, בהשתתפות ח. איצקוביץ בלבוב. ירושלים, תר"ע.
4. בין מים למים. הוצאת "ספרות", ורשה, תר"ע [1910].
5. מכאן ומכאן, שש מחברות ומלואים. הוצאת "ספרות", ורשה, [מעט אחרי תרע"א 1911].
6. שכול וכשלון, או ספר ההתלבטות. הוצאת אברהם יוסף שטיבל, ניו-יורק, תר"ף [1920].
7-8. בין מים למים, ספור. הוצאת "ספרות", ורשה, תרפ"ב 1922. כרוך עמו: מעמק עכור, ציורים ורשימות. הוצאת "תושיה", ורשה, [1922 בקירוב].
9. ספורים. הוצאת "קדימה" (סדרת "ספריה עממית"), ניו-יורק, תרע"ח [1918].
10. פְּרֻדּוֹת, קֹבץ ספרותי לקוראים צעירים (א.), נמסר לדפוס ע"י י. ח. ב. (בהוצאות ש. ברסקי). יפו, תרע"ז [1917].
11. המוצא (רשימה מן העבר הקרוב). הוצאת "ספריה עממית", דפוס "הפועל הצעיר", יפו, תרפ"א [1921].
12. מחיי יוסף חיים ברנר, מאת י. יערי (פולסקין). הוצאת דוד שַׁרֶק, תל-אביב, תרפ"ב [1922].
13. סופר הצער והזעם י. ח. ברנר, מאת משה טמקין. הוצאת "יפת", ירושלים, [1945].
גודל ומצב משתנים. חלקם כרוכים מחדש; בחלקם חותמות ספריה.