אחד עשר ספרים מספרות הגאונים, רבים מהם חיבורים שיצאו לאור לראשונה על פי כתבי-יד:
1. ספר קובץ מעשי ידי גאונים קדמונים, חלק ראשון, פירוש רבינו רב האי גאון על סדר טהרות, וחלק שני, פיוטים מגאונים קדמונים, יוצאים לאור על ידי רבי יהודה רוזנברג. ברלין, תרט"ז [1856].
2. ספר תשובות דונש הלוי בן לברט על רבי סעדיה גאון, השגות על תרגום רבי סעדיה גאון למקרא, עם מבוא והערות בגרמנית. ברסלויא, [תרכ"ו] 1866.
3. ספר תשובות הגאונים (שערי תשובה), עם הגהות איי הי"ם, מאת רבי ישראל משה חזן. ליוורנו, [תרכ"ט 1869].
4. ספר חלוף מנהגים, בין בני בבל לבני ארץ ישראל, יוצא לאור על פי כתבי-יד עם ביאור מאת יואל הכהן מילר. וינה, תרל"ח [1878].
5. ספר אלדד הדני, סיפוריו והלכותיו במהדורות שונות, על פי כתבי-יד ודפוסים עתיקים, עם מבוא והערות, בצרוף מאמר על הפלשים ומנהגיהם, מאת רבי אברהם עפשטיין. פרשבורג, תרנ"א 1891.
6. ספר גנזי ירושלים, קובץ דברי תורה וחכמה, מליצה ושיר מכתבי יד אשר היו עד עתה ספונים בגנזי הספרים בירושלים, חוברת ראשונה-שלישית, מאת רבי שלמה אהרן ורטהיימר. ירושלים, [תרנ"ו-תרס"ב 1896-1902]. כל שלושת החוברות, בכרך אחד.
7. ספר קהלת עם פירוש רבינו סעדיה גאון, יוצא לאור מתוך כתב-יד נושן עם מראה מקומות, על ידי דוד פרענקל. הוסיאטין, תרס"ג 1903. מחבר הפירוש האמיתי הוא סלמון בן ירוחם הקראי.
8. ספר פירוש שלש עשרה מדות שהתורה נדרשת בהם, מאת רבי סעדיה גאון, יוצא לאור על פי כתב-יד שבאוקספורד, על ידי חיים יהודה ערנרייך. קלויזנבורג, [תרפ"ב 1922].
9. ספר גאון הגאונים, קובץ דברי הגאונים הקדמונים על פי כתבי-יד ישנים, חלק ראשון, עם הערות ומבוא, מאת רבי שלמה אהרן ורטהיימר. ירושלים, תרפ"ה [1925].
10. מספרות הגאונים, תשובות הגאונים ושרידים מספרי ההלכה מתוך כתבי-יד של ה"גניזה" ומקורות אחרים, עם מבואות, הערות ומראי מקומות, מאת שמחה אסף. ירושלים, תרצ"ג [1933].
11. גנזי-קדם, מאסף מדעי לתקופת הגאונים, ספר ראשון-רביעי, ערוך בידי ד"ר בנימין מנשה לוין. חיפה-ירושלים, תרפ"ב-תר"צ [1922-1930]. חסרים שני דפים בסוף החלק השלישי. ארבעה חלקים בכרך אחד.
11 ספרים. גודל ומצב משתנים.
מאוסף ר' שמואל אשכנזי ז"ל.

ארבעה עשר ספרי פירושים על התנ"ך:
• ספר דניאל, עם תרגום מאת רבי זאב וולף מדסאו וביאור מאת רבי משה בן אורי פיליפסון, ופירוש הרב אבן-יחיא. דסאו, [תקס"ח] 1808.
• פירוש בעל הטורים על התורה, מאת רבי יעקב בן הרא"ש. הנובר, תקצ"ט 1838. הסכמות החת"ם סופר, רבי עקיבא איגר, ורבי יעקב עטלינגר, בעל ה"ערוך לנר".
• ספר מעיני הישועה, פירוש על ספר דניאל, מאת רבינו דון יצחק אברבנאל. שטעטין, [תר"כ] 1860.
• ספר איוב, עם באור מורה חיים ועם באור רוממות צדק, מאת רבי חיים אלחנן צדיקוב. ווילנא, [תרל"ג] 1873.
• ספר קרוא מקרא, פירוש לתורה ודרושים על עניינים כלליים, מאת רבי יוסף צבי פוליצינצקי. זיטומיר, תרל"ד 1874.
• מקרא קדש – ספר איוב, פירוש לספר איוב, מאת רבי שמחה אריה מהרובשוב. וורשא, תרמ"ב 1882.
• ספר משפחת סופרים, הכולל את כל השינויים בפסוקים המובאים בדברי חז"ל על פי המסורה, מאת רבי שמואל רוזנפלד. ווילנא, תרמ"ג 1883.
• ספר שדה ירושלים, על תרגום ירושלמי לחמש מגילות, מאת רבי אפרים זילבר. טשרנוביץ, [תרמ"ג 1883].
• ספר ילקוט המכירי, פירוש על ישעיהו, מאת רבי מכיר בן אבא מארי, עם מבוא והערות מאת רבי יהודה זאב כהנא שפירא. ברלין, [תרנ"ג 1893].
• פירוש למגילת אסתר מאת רבי יוסף אבן נחמיאש. פודגורזה-קראקא, תרנ"ט 1899.
• ספר נפש יהונתן, פירוש על פי המדרשים בדרך פלפול, מאת רבי יהונתן אייבשיץ. פיעטרקוב, תרס"ב 1901. חותמות "עקד ישיבת חכמי לובלין".
• ספר מפתח התורה עם פירוש מלמד להועיל, ספר המביא את פירוט הנושאים שבכל פרק בתורה, מאת רבי משה ליב לחוביצקי. פיעטרקוב, תרס"ו 1906.
• פירוש לחמש מגילות, מאת רבי יוסף זכריה שטרן. [ווילנא, תרל"ה-תרל"ו 1875-1876]. חסר דף שער ראשון.
• פירוש מדרש דוד על פרשת בראשית, מאת רבינו דוד הנגיד, נכד הרמב"ם. ירושלים, [תש"ז 1947].
14 ספרים וחוברות. גודל ומצב משתנים. הספרים לא נבדקו בידינו לעומק, והם נמכרים כמות שהם.
מאוסף ר' שמואל אשכנזי ז"ל.

עשר פקסימיליות של ספרים עתיקים ונדירים וכתבי-יד, בהוצאת "קדם", "מקור" והוצאות נוספות:
• משנה תורה להרמב"ם, צילום דפוס רומי, ר"מ [1480] בערך. הוצאת מוסד הרב קוק, ירושלים, תשט"ו [1956]. עם מבוא מאת הרב יהודה לייב מימון.
• ספר מעין גנים, מאת רבי שמואל ארקוולטי, צילום מהדורת ונציה שי"ג [1553]. הוצאת "קדם", ירושלים תשל"א [1971]. מהדורה בת 100 עותקים.
• ספר שמחת הנפש, שירים יהודיים ביידיש עם תווים, מאת רבי אלחנן קירכהן. צילום של מהדורת פיורדא תפ"ז [1727]. הוצאת מקס מייזל, ניו יורק [תרפ"ו] 1926. עם מבוא מאת ד"ר י. שאצקי. מהדורה בת 550 עותקים ממוספרים.
• Hebräische Autographen von Gelehrten und Schriftstellern in Faksimile, [אוטוגרפים של רבנים, סופרים ואישים יהודיים, בליווי פקסימיליות מאוסף הספריה היהודית הגדולה בוינה], מאת Bernhard Wachstein. מהדורת פקסימיליה של הוצאת וינה, 1927. ירושלים, תשמ"א [1981]. עותק מספר 57 מתוך מהדורה ממוספרת בת 100 עותקים.
• ספר מבשרת ציון, על עשרת השבטים, מאת אליקים כרמולי. צילום של מהדורת בריסל, תר"א [1841]. הוצאת "קדם", ירושלים, תשל"א [1971]. עותק מס' 20 מתוך מהדורה בת 100 עותקים ממוספרים.
• ספר שלום על ישראל, תמיכת ההשכלה בחסידות, חלקים ג-ד, מאת אליעזר צבי צווייפל. צילום של מהדורת זיטומיר תרכ"ח-תרל"ג. הוצאת "מקור", ירושלים, תש"ל [1970].
• ספר תוספתא, חמישים חילוקי דינים בין שיטת א"י לבבל, מאת רבי עזרא אלטשולר. צילום של מהדורת וורשא, תרנ"ט [1899]. הוצאת "מקור", ירושלים. תשל"א 1971. עותק מס' 48 מתוך מהדורת בת 100 עותקים.
• ספר מלאכת עבודת הקודש, על סדר עבודת יוהכ"פ, מאת רבי משה ניגרין. פקסימיליה של מהדורת סלוניקי, שכ"ח [1568]. הוצאת "אוצרנו", טורונטו, תשנ"א.
• תרגום ארץ ישראל לתורה (ניאופיטי), צולם מכתב היד שבספריית הוותיקן. הוצאת מקור, ירושלים, תשל"א 1970. שני כרכים. מהדורה בת 140 עותקים.
• ספר ידי משה לרבי משה ירושלמי. הוצאת שוקן. תל אביב, תרצ"ח [1938]. יידיש.
נדפס ב-60 עותקים, לכבוד יום הולדתו ה-60 של שלמה זלמן שוקן. עותק לא ממוספר.
10 פקסימיליות ב-11 כרכים. גודל ומצב משתנים.
מאוסף ר' שמואל אשכנזי ז"ל.